Tělo je chráněné krunýřem, který se skládá ze dvou částí - karapaxu (hřbetní štít) a plastronu (břišní štít). Obě části krunýře jsou spojené na bocích. Krunýř tvoří součást těla želvy, rozhodně z něj nelze želvu vyjmout, jak si někdo může mylně myslet.
 Želvy se dokáži zcela do krunýře zatáhnout a tím znemožnit svým predátorům ulovit je. Některé druhy želv mají plastron vícedílný (např. druhy - Terrapene, Kinosternon, Pyxis), jsou schopné zcela uzavřít přední i zadní otvor, který je určen pro přední a zadní pár nohou, hlavičku a ocásek. U jednoho druhu (kinixys) lze pohyblivou zadní částí karapaxu uzavřít zadní otvor. Osu těla želv tvoří páteř z obratlů, k níž jsou připojené kosti tvořící končetiny, krk s lebkou a ocásek. Krunýř je v podstatě součást kostry želvy, tvoří ho rohovinové štítky, pod kterýma jsou plochá žebra. Krunýř roste se želvou od jejího narození stejně jako její kostra a vše ostatní.

Želva vodní nemá žádné žábry, jako mají ryby. Stejně jako suchozemské želvy jejich dýchací systém tvoří plíce, proto i vodní želva potřebuje k životu vzduch. Většina vodních želv žije obojživelným způsobem.